魔法がすべての、とある世界――。

「クローバー王国」最果てにある村の教会に、同じ日に捨てられていたアスタとユノは、お互いに魔道士の頂点「魔法帝（まほうてい）」になることを夢見て「魔法騎士団（ルビ：まほうきしだん）」に入団。　アスタは「黒の暴牛（くろのぼうぎゅう）」団、ユノは「金色の夜明け（こんじきのよあけ）」団で、それぞれ仲間たちとともに数々の任務をこなし、着実に実績を積み重ねていた。

そんな中、「リヒト」と名乗る者を頭首とし、「反クローバー王国」を掲げる謎のテロ組織「白夜の魔眼（ルビ：びゃくや　の　まがん）」が現れる。彼らはクローバー王国に強い憎しみを抱き、「魔石（ませき）」と呼ばれる石を集め、”真の姿”に生まれ変わろうとしていた。
果たして、”真の姿”とは？　そして、その本当の狙いとは？

敵対する隣国・ダイヤモンド王国との緊張感も高まる中、驚異的な魔力を持つ頭首リヒトと最高戦力の3人「三魔眼（サードアイ）」を中心とする「白夜の魔眼」の脅威にさらされたクローバー王国。
国と人々を護る魔法騎士団員として、アスタとユノが、さらなる実績を積み上げ、魔法帝への道を突き進む！