時は２０５５年。手のひらサイズの小型ロボット『ＬＢＸ』は世界最高のホビーと称され、プロリーグの設立などビジネスにおいても大きな存在感を放つ時代となっていた。ＬＢＸの戦場、それはあらゆる衝撃を吸収してしまう未来の箱、『強化ダンボール』の中だった。そんなダンボールの中で戦う彼らのことを、人は『ダンボール戦機』と呼んだ。

ＬＢＸプレイヤーの聖地として名高い『神威大門統合学園』。ここは世界で唯一のＬＢＸプレイヤー養成機関である。厳しい入学条件をクリアし、晴れて神威大門への転入を果たした少年『瀬名アラタ』は、同じく転入生だという『星原ヒカル』とめぐり会う。期待に胸を躍らせるアラタであったが、彼らを待っていたのは、学園の地下に広がる直径10kmの巨大ジオラマ、そして、そこで繰り広げられる世界戦争のシミュレーション『ウォータイム』という学園独自の規則であった。

クラス委員長『出雲ハルキ』が指揮する『第1小隊』に配属されたアラタとヒカルは、仮想国『ジェノック』の兵士としてＬＢＸバトルに参加させられる。
幾多の思惑が渦巻く学園の謎とは一体？少年たちに忍び寄る魔の手とは？壮絶な運命へとつながるバトルがいま始まる！