グレイガとファルザーとの闘いを終え、ビヨンダードから帰還した熱斗達は、これまでの生活を取り戻し平穏な日常を過ごしていた。
が、それも束の間。ほどなくして植物状の電子データが実体化し、はびこるという奇怪な事件が発生。
さらに獣化ウイルスが実体化し人々を襲うという事態に発展する。
 熱斗はクロスフュージョンして獣化ウイルスを倒すが、そこに一体のナビらしき人影が現れる。
その人影の正体とは？そして、明らかになる驚くべき計画とは？
 新たな敵に熱斗とロックマンが立ち向かう！