現在よりも、少し先の未来。全ての人が「ＰＥＴ」と呼ばれる携帯端末を持ち、そこに組み込まれた疑似人格型プログラム「ネットナビ」によって、日常生活のほとんどをネットワーク上で補っていた。
その一方、ネット犯罪は増加し、その中でもネット犯罪集団・ＷＷＷ（ワールドスリー）がバラまくウイルスは、人々の生活を脅かし続けていたのだ。
ある日、光熱斗（ひかりねっと）のもとに父親から届いた、１枚のＣＤーＲＯＭ。その中にはロックマンというネットナビがプログラムされていた。
最初こそロックマンに戸惑う熱斗だったが、パートナーとしてともに成長していくことになる。
ロックマンに秘められた力、熱斗の天性のウイルスバスティング能力。そして２人のかたく結ばれた友情が、ネットに潜んだ闇を暴いていく！