再び「弾丸(願い)」は込められた

ベリューレン社により戦時中開発された新技術「身体機能拡張技術」。
その技術により身体の一部、もしくは全部を機械化された者は、拡張者（エクステンド）と呼ばれていた。
拡張者と生身の人間の非拡張者が混在する社会では常にいざこざが絶えず、それらの問題を解決する「処理屋」を、乾十三（いぬいじゅうぞう）は生業としていた。
そして、十三自身も、頭部が巨大な銃の「拡張者」だった。

「亡霊」騒ぎの解決後、十三が営む「乾相談所」は落ち着きを取り戻したかに見えた。だが、突如何者かに襲撃されてしまう。それは、反拡張技術を掲げるテロ組織・スピッツベルゲンだった。彼らに拉致された仲間の救出に向かう十三の前に、ヴィクター・シュタインベルグという男が立ちはだかる。彼こそメアリーが行方を追い続けていた彼女の実兄であり、過去、十三の専属技師を務めた男だった。時を経て、十三、メアリー、ヴィクター、再び3人の因縁が交錯する。ガンスレイブユニットの秘密、ベリューレンの思惑、そして、鉄朗の運命も大きく動き始める第2期、スタート！