魔法がすべての、とある世界――。

「クローバー王国」最果てにある村で、兄弟同然に育った捨て子のアスタとユノは、お互いに魔道士の頂点「魔法帝（まほうてい）」になることを夢見て、王国を護る「魔法騎士団員（まほうきしだいん）」となった。そして数々の任務や実戦で力をつけ、ついに、新人NO1、NO2の実績を誇る魔法騎士団員へと成長する。

さらなる飛躍を目指すアスタとユノだが、そんな中、恐るべき異変がクローバー王国を襲う！遠い昔、「人間」の策略によって理不尽に命を奪われた「エルフ族」による復讐が始まったのだ。

生前の自分とよく似た魔力を持つ人間のからだを乗っ取る禁術「転生魔法」で甦ったエルフの民たちは、王国中の村や町を破壊し人々を攻撃。彼らにからだを乗っ取られた者の中には、アスタたちと苦楽をともにした魔法騎士団の仲間たちもいた。

果たしてアスタたちは、大切な仲間の心を取り戻し、再び魔法騎士団員としてともに力を合わせて戦うことができるようになるのか!?

そして、激闘の末、衝撃の真実が明らかになる!!