発電所に電脳植物と獣化ウイルスが発生したとの報を受け、熱斗と炎山はクロスフュージョンして戦う。その頃科学省のサイバーワールドに侵入者が現れた。
ロックマンとブルースが向かうとそこにはゼロの姿が。ゼロは科学省のデータを奪って逃走する。教授の目的は何なのか、図りかねる祐一朗たち。
一方、熱斗はマハ・ジャラマから、ＷＷＷにかつて教授と呼ばれていた男がいたという話を聞き興味を持つ。