ＰＥＴが破壊されたと同時にロックマンも大きなダメージを負い、熱斗はロックマンを失ったまま生活することに。そこへアメロッパからラウル＆サンダーマンが熱斗に協力を申し出て、シャーロからはライカ＆サーチマンが派遣されてくる。嬉しい熱斗だがライカとラウルはお互いのポリシーの違いからぶつかり合う。
そこにダークロイド・コールドマン、ブライトマン、ソードマン、スターマンがニホンの公共施設を一斉攻撃してきた。