科学省で。熱斗はナビのデータをオペレータにシンクロさせ実体化させるという祐一朗の実験に立ち会う。その時、科学省で室内の空気がなくなるという異常事態が発生、ダークロイド・ビーストマンの仕業だ。熱斗とロックマンはビーストマンを撃退するが、安心したのもつかの間、何者かが科学省内にビーストマンとウイルス軍団を実体化させ科学省を破壊しはじめた。
熱斗はシンクロチップを使ってロックマンとの合体･･･クロスフュージョンを試み見事に成功、威力の強まったロックバスターでビーストマンを撃退するのだが･･･